Hi va haver un temps en què els jardins botànics eren senzills i recollits horts de simples, on els catedràtics d’Herbes ensenyaven les propietats medicinals de les plantes. Durant segles en aquells primitius jardins botànics sols s’hi van conrear plantes utilitzades per a guarir malalties.

Al final del segle XVIII la botànica va cobrar força com a assignatura independent. Va deixar, aleshores, de preocupar-se per les propietats de les plantes i es va interessar per la seua classificació. Els jardins botànics es van reorientar, les plantes medicinals van passar a un segon pla i el lloc principal el va ocupar una nova col·lecció, l’Escola Botànica, en la qual es mostrava la diversitat del món vegetal acuradament ordenada.

L’Escola Botànica es va convertir així en una prolongació de l’aula que es repeteix en tots els jardins universitaris d’Europa. S’hi disposen les plantes d’acord amb un criteri de parentesc i antiguitat, des de les primitives a les més evolucionades. S’hi poden completar les lliçons teòriques de morfologia, organografia, biogeografia, sistemàtica i evolució.

Des del trasllat, al principi del segle XIX, del Jardí Botànic de la Universitat de València a l’Hort de Tramoieres, es va posar especial interès i cura en el desenvolupament de l’Escola Botànica. Aquesta hi va ocupar tot l’espai disponible, la meitat sud del Jardí actual, i s’hi va distribuir en 16 quadres de plantació, separats per amplis corredors i regats per les sèquies àrabs del primitiu hort, i s’hi va crear un traçat simètric que respon a gusts clàssics de final del segle XVIII. Són elements fonamentals les quatre sèquies de reg que el recorren de sud a nord i que es van mantenir funcionals per al reg a manta, característic de l’horta valenciana, fins a la restauració del 1990. Actualment són només un element decoratiu que recorda els orígens del Jardí.

Des d’aleshores l’Escola ha ocupat el mateix lloc i a penes ha canviat la seua estructura. Sols la disposició de les plantes s’hi ha vist alterada, com a conseqüència de la seua adequació pels canvis produïts al llarg de 200 anys en els criteris d’ordenació dels vegetals. El mètode sexual de Linné, amb les seues 24 classes, va servir de model per al plantejament que en va fer Vicent Alfonso Lorente cap al 1805. Així es va mantenir durant uns anys, però sota la direcció de Josep Pizcueta l’Escola es va modernitzar i va adoptar el sistema natural d’Endlicher. Per a això, Pizcueta va estar assessorat pel botànic francès Felix Robillard format al Jardin des Plantes de París. Aquesta disposició, actualment molt desfasada, es va mantenir a l’Escola Botànica fins a la restauració del 1990, quan s’hi va adoptar un criteri sistemàtic més actual, el proposat per Stebbins en el seu Flowering Plants. Tanmateix, l’aplicació del nou criteri no ha estat total ja que va ser impossible traslladar les grans palmeres i el bambú gegant dels primers quadres, que han continuat dedicats a les monocotiledònies (que en una ordenació més estricta haurien d’aparèixer al final). Tampoc les coníferes i les cicadàcies que ocupaven el quadre 3, entre les monocotiledònies i les dicotiledònies, no van poder reubicar-se i van romandre-hi, tot marcant el quadre dedicat a les gimnospermes, que sent estrictes haurien anat al principi de l’Escola.

Els corredors principals es troben dedicats a cinc il·lustres botànics valencians, de diferents èpoques i trajectòries científiques. Al principi de cada corredor podem trobar els seus noms: Joan Plaça, Antoni Josep Cavanilles, Simón de Rojas Clemente, Josep Pizcueta i Josep Borja. El repertori es completa amb Carles Pau, que dóna nom a la glorieta situada al centre del Jardí.

El traçat intern dels quadres és recent, està inspirat en el de l’Escuela Botánica del Real Jardín Botánico de Madrid i es va fer durant la darrera restauració, per aconseguir una major superfície transitable i permetre l’accés a l’interior dels quadres perquè els visitants fossen més prop de les plantes conreades.

Al llarg de tota l’Escola i emmarcant els quadres es troben diversos arbres de grans proporcions que constitueixen una autèntica arbreda, la disposició de la qual no segueix cap criteri sistemàtic. La seua presència és deguda a les necessitats d’ombra que tenia el Jardí en els seus orígens. Amb el temps els arbres han assolit les proporcions que avui podem veure i projecten una ombra densa sobre tota l’Escola. La manca de llum en terra impedeix el creixement de moltes plantes i provoca l’aspecte buit d’alguns quadres.

Al llarg dels 16 quadres es pot observar la diversitat actual de les plantes després de viure més de 300 milions d’anys sobre la superfície terrestre. En aquest temps els processos d’extinció i formació d’espècies han estat ben intensos i actualment sobre la Terra hi ha més de 250.000 espècies diferents, que encara continuen en constant evolució i de les quals a l’Escola Botànica del Jardí es mostra una variada representació. El recorregut ordenat permet observar l’evolució dels vegetals i veure els canvis de les estructures florals, la reducció de la grandària de les flors i l’aparició de les inflorescències, el pas de la pol·linització pel vent (anemogàmia) a l’ús dels insectes com a transportadors del pol·len (entomogàmia), la reducció de l’estructura vegetativa i el canvi dels grans arbres a les herbes.

En aquest espai es troben representades les principals famílies de gimnospermes i angiospermes, les plantes amb llavors. Les primeres són les més primitives, no tenen flors vertaderes, són pol·linitzades principalment pel vent i no desenvolupen fruits i les llavors madures queden nues. Els grups més coneguts són les coníferes i les cicadàcies. D’altra banda, les angiospermes van derivar d’aquestes i presenten caràcters més evolucionats, formen flors vertaderes, la pol·linització és principalment guiada per animals i desenvolupen fruits vertaders que envolten les llavors madures. La major part de les plantes terrestres formen part d’aquest grup, des de les magnòlies fins a les orquídies.

Repartits per l’Escola Botànica hi ha diversos cartells que informen sobre l’origen, les característiques i les utilitats de les principals famílies.

Els dos primers quadres es troben dedicats a les monocotiledònies, que en el sentit de Stebbins, avui una mica desfasat, formaria el grup més evolucionat de plantes. Es caracteritzen per la senzillesa de les seues estructures, la majoria tenen tiges herbàcies, sols algunes arriben a tenir port arbori, no tenen creixement en gruix i les tiges no es ramifiquen, per la qual cosa presenten una forma cilíndrica, les arrels són fasciculades, les fulles tenen nervació paral·lela, les flors, tres peces en cada verticil, moltes vegades només amb una sola envolta al periant, i la llavor desenvolupa un sol cotiledó. Se’n reconeixen unes 52.500 espècies agrupades en unes 47 famílies.

A les gimnospermes es dedica el quadre 3. Són plantes de gran port, amb caràcters molt primitius. Els escassos representants actuals són mostra d’un grup molt més ampli que va tenir la seua època de major esplendor durant el Mesozoic, fa entre 300 i 200 milions d’anys. Actualment només queden unes 600 espècies, agrupades en unes 15 famílies.

Les dicotiledònies es distribueixen ordenadament des del quadre 4 al 16. Són, sens dubte, el grup de plantes més divers que viu actualment a la Terra. Se’n coneixen unes 198.000 espècies agrupades en unes 250 famílies. Es caracteritzen per tenir l’arrel pivotant, la tija herbàcia o llenyosa i, en aquest cas, amb creixement en gruix, molt ramificat, les fulles amb nervació reticular, les flors amb verticils de 4 o 5 peces i les llavors amb dos cotiledons.