Les plantes aquàtiques estan especialment adaptades per viure en tolles, rierols, llacs, rius i albuferes, on no poden viure les altres plantes terrestres. Encara que procedeixen de famílies ben diverses presenten adaptacions semblants, i són una mostra del fenomen de convergència adaptativa.

De manera general, es parla de plantes aquàtiques, però entre aquestes poden haver-hi plantes submergides o flotants, arrelades o no al fons, amfíbies, les que tenen part de les fulles sota l’aigua i part emergides, amb aspecte i forma diferents, i les anomenades helòfites, que sols mantenen submergides les arrels.

Les plantes aquàtiques tenen en comú la seua estructura herbàcia. Les que es troben submergides o són flotants a penes desenvolupen arrels ni cutícula a les superfícies en contacte amb l’aigua, per poder prendre’n directament els gasos i els minerals que necessiten per viure, i tampoc no tenen teixits mecànics perquè la seua capacitat de flotació les manté dretes. Les que desenvolupen les seues arrels en llocs embassats i mantenen els altres òrgans separats de l’aigua, solen tenir tiges buides, per poder transportar-hi l’aire fins a les arrels.

Al Jardí Botànic també hi ha plantes aquàtiques que ocupen les basses i els estanys. A la bassa que hi ha al costat del mur de l’est, davant l’hivernacle que porta el seu nom, hi ha uns grans cossiols d’obra on es van plantar algunes espècies aquàtiques de gran interès. Al cossiol central es troba lotus de l’Índia (Nelumbo nucifera), als laterals, bogues (Typha domingensis), tàlies (Thalia dealbata), papirs (Cyperus papyrus), pontedèries (Pontederia cordata). Dels cossiols ixen nenúfars (Nymphaea alba), alocàsies (Alocasia odora) o colocàsies (Colocasia esculenta). A més, amb freqüència, poden veure’s flotant enciams de mar (Pistia stratiotes), jacints d’aigua (Eichhornia crassipes) o les petites llentilles d’aigua (Lemna minor). L’estiu és el moment de major esplendor de la bassa, amb els nenúfars i el lotus en flor.

A l’estany de la Muntanyeta també viuen plantes aquàtiques com joncs (Juncus maritimus), lliris grocs (Iris pseudoacorus) o bogues i, al centre, el taxodi (Taxodium distichum).