Un herbari és una col·lecció de plantes seques degudament preparades per garantir-ne la conservació de manera indefinida. Sobre l’herbari es basa una part important de la investigació botànica, sobretot en taxonomia, encara que també és útil per a estudis florístics, biogeogràfics i fins i tot moleculars. L’herbari és testimoni de les cites de plantes, de les descripcions i dels materials utilitzats per a proposar-les. El tipus d’una planta (el material sobre el qual es basa un nou nom) és, en la majoria dels casos, una planta seca, dipositada i conservada en un herbari públic.

L’herbari del Jardí Botànic és el resultat de la unió dels antics herbaris de Biològiques, Farmàcia i el del propi del Jardí. Hi ocupa unes instal·lacions adequades que en garanteixen la conservació i en faciliten la consulta als investigadors. Els plecs es guarden en armaris compactes amb una capacitat per a uns 350.000 plecs. En reunir-s’hi els herbaris s’ha creat un dels més importants d’Espanya, amb més de 200.000 plecs.

El nou herbari conté una bona representació de la flora de la meitat oriental de la península Ibèrica, especialment del territori valencià i del sistema Ibèric. Així mateix s’hi troben dipositats els herbaris personals Vicent Guillem, Aureli Gamir i Josep Borja. Els dos primers són del final del segle XIX i a més de les recol·leccions pròpies, s’hi conserven plantes de Pau, Sennen i Font Quer, botànics amb qui Guillem i Gamir van mantenir intercanvis de plantes. L’herbari de Borja és format principalment per materials anotats del gènere Sideritis.